Um auch in der Zukunft eine solide organisatorische Basis für seine Arbeit zu gewährleisten, ist das Ensemble seit dem Jahr 2013 als gemeinnütziger eingetragener Verein (Bach-Collegium Freiburg e.V.) organisiert.
Der Vereinsvorstand, die musikalische Leiterin und die Vereinsmitglieder entscheiden über die künstlerische Ausrichtung, die Neuaufnahme von Musikern und finanzielle Fragen selbst.
Neben den ständigen Orchestermitgliedern können auch Freunde und Förderer des Bach-Collegium Freiburg dem Verein beitreten.